1.SK Prostějov je pokračovatelem klubu s dlouholetou tradicí a bohatou minulostí, do které patří i účast mezi tehdejší československou fotbalovou elitou. V Prostějově byl v minulosti první fotbalový klub založen už v roce 1904. Ten v období mezi první a druhou světovou válkou několikrát vyhrál Hanáckou župu a dokonce i mistrovství Moravy. V sezóně 1932/33 si klub vybojoval účast ve II. lize. Tu o rok později vyhrál a poprvé v historii si vybojoval právo účasti v nejvyšší soutěži. Tam o sobě prostějovský fotbal dával patřičně vědět a v tabulce skončil hned za tehdy neporazitelnými Spartou a Slavií. Během války se prostějovskému Sportovnímu kroužku už tolik nedařilo a pohyboval se mezi I. a II. ligou. V té době se v Prostějově objevil konkurenční klub SK Rolný Prostějov. Ten ale po válce skončil jako Sokol a později Jiskra v nižších soutěžích. Klubu SK Prostějov se podařilo vzkřísit předválečnou slávu ještě v sezóně 1945/46, kdy skončil v jedné ze skupin první ligy na 9. místě. Tato sezóna ale byla do dnešní doby pro Prostějov poslední s přívlastkem prvoligová.

Později byl SK přejmenován na Sokol, Tatran a Slovan, který byl nakonec v roce 1958 sloučen s Baníkem do TJ Železárny Prostějov. Ta se potom stala až do devadesátých let nejúspěšnějším fotbalovým oddílem ve městě a hrála střídavě od divize po druhou ligu v roce 1996, kdy došlo ke spojení s FC LeRK Brno. Ve své novodobé historii prostějovský klub vybojoval dvakrát po sobě desáté místo ve II. lize. V sezóně 2002-2003 prostějovský klub sestoupil z druhé ligy a to administrativní cestou – jejich stadion nesplnil požadované kriteria pro II.ligu. Od této sezóny začal postupný propad soutěžemi až do krajského přeboru.

Od sezóny 2006-2007 vzniká v Prostějově nový fotbalový klub 1.SK Prostějov, který přebírá všechny soutěže od stávajícího SK LeRK Prostějov.

Strategie nového klubu vychází z výchovy mladých hráčů. V Prostějově se omladina připravuje na fotbalovou kariéru pod vedením kvalitních trenérů ve třinácti družstvech. Vedení 1.SK Prostějov vychází z reálné ekonomické situace. Nemalé finanční prostředky je přitom nutné v Prostějově vynaložit na rekonstrukci stávajícího sportovního areálu a zlepšení podmínek pro hráče i diváky. Z těchto důvodů vedení klubu před sezónou 2007-2008 rozhodlo o dočasném ukončení činnosti družstva mužů. Záměrem práce v dalších obdobích bylo přes kvalitní výchovu mládeže vybudovat úspěšný hráčský kádr především z řad vlastních odchovanců a následně obnovit činnost oddílu v kategorii mužů. Což se od sezóny 2010-2011 podařilo a nové vznikající tým mužů startuje (prozatím) ve II.třídě OFS Prostějov.

Od školního roku 2010-2011 se podařilo vytvořit ve spolupráci se ZŠ E.Valenty v Prostějově sportovní třídy se zaměřením na fotbal a od sezónu 2011-2012 získal náš klub statut „Sportovního střediska mládeže FAČR“ pro žákovské kategorie. Od sezóny 2012-2013 jsme uspěli v náročném výběrovém řízení i v dorostenecké kategorii a byl nám fotbalovou asociací udělen statut „Sportovního centra mládeže“.

V první polovině roku 2012 jsme díky výrazné pomoci našich partnerů získali od zaniklého klubu FC Vítkovice licenci pro start A mužstva mužů v divizní soutěži. Po nákupu licence od Vítkovic, se klub v sezóně 2011/2012 stává účastníkem Divize, kde z administrativních důvodů musí nastupovat pod provizorním názvem. A ihned si vybojovává postup do MSFL, kde již coby tradiční 1. SK získává třikrát po sobě bronzovou pozici a konečně v sezóně 2015/2016 vítězí a postupuje po dlouhých 13 letech zpět do druhé nejvyšší fotbalové ligy. Tu se naneštěstí nedaří udržet, ale hned v následujícím roce si po dalším vítězství v třetiligové soutěži obnovuje nárok na účast ve Fortuna Národní lize a je tedy v sezóně 2018/2019 jejím účastníkem.